Obszar specjalnej ochrony ptaków Puszcza Niepołomicka PLB120002, Czarna Orawa PLH120002 oraz Bednarka PLH120033 uzyskały plany zadań ochronnych. Opracowała je Regionalna Dyrekcja Ochrony Środowiska w Krakowie. Prace projektowe zostały dofinansowane w 80% z Programu Operacyjnego Infrastruktura i Środowisko, a w 20% – z budżetu państwa.
Obszar specjalnej ochrony ptaków Puszcza Niepołomicka PLB120002 zajmuje powierzchnię ponad 11 tys. ha i obejmuje kompleksy leśne położone w widłach Wisły i Raby. Na terenie obszaru Natura 2000 stwierdzono występowanie 187 gatunków ptaków, w tym 29 gatunków z Załącznika I Dyrektywy Ptasiej, z których 17 uznano za lęgowe lub prawdopodobnie lęgowe. Przedmiotami ochrony w obszarze są cztery gatunki ptaków: puszczyk uralski, dzięcioł czarny, dzięcioł średni i muchołówka białoszyja. Ponadto lasy są ważną ostoją dla zwierzyny i stanowią fragment krajowego korytarza ekologicznego. Na terenie Puszczy prowadzona jest obecnie gospodarka leśna, a dzięki niewielkiej odległości od stolicy Małopolski jest ona chętnie odwiedzana przez mieszkańców Krakowa.
Z kolei powierzchnia Czarnej Orawy PLH120002 wynosi 184 ha, a przedmiotami ochrony w tym obszarze są trzy siedliska przyrodnicze, pięć gatunków ryb oraz jeden gatunek płaza. Szczególnie interesujące są tu siedliska zależne od naturalnej dynamiki potoku. Na żwirowiskach występują zbiorowiska pionierskich gatunków roślin z dużym udziałem gatunków górskich. W innych miejscach pojawiają się ziołorośla górskie i nadrzeczne z dużym udziałem ziołorośli lepiężnikowych. Najbardziej stabilnym siedliskiem, będącym ostatnim stadium zarastania brzegów potoków są olszyny górskie i łęgi wierzbowe. Do najciekawszych gatunków ryb należą minóg ukraiński, głowacz białopłetwy i brzanka. Właśnie ze względu na obecność tych zwierząt tak istotne jest utrzymanie właściwej klasy czystości wody i drożności potoku oraz ograniczanie eksploatacji kruszywa i regulacji koryt.
Natomiast w bezpośrednim sąsiedztwie Magurskiego Parku Narodowego znajduje się Obszar Natura 2000 – Bednarka PLH120033, obejmujący niemal 1300 ha. W tym miejscu chronione są miejsca rozrodu i żerowania jednego z najmniejszych polskich nietoperzy – podkowca małego. Kolonia na strychu cerkwi w Bednarce (pełniącej obecnie funkcję kościoła rzymskokatolickiego) liczy przynajmniej 35 osobników. Poza nimi przedmiotem ochrony są również buczyny i grądy.
Na podstawie: krakow.rdos.gov.pl